本发明公开一种串口通信系统及方法，主机端的主控板发送数据给第一控制器，第一控制器根据发送的数据的每个字节的4位头数据，决定将数据发送给主机端的第一红外收发模块还是第二红外收发模块；并进一步决定将数据发送给外置模块的第三方模块还是第二控制器；主机端的第一控制器接收数据给主控板，第一控制器根据接收的数据的每个字节的4位头数据，判断接收的数据是来自主机端的第一红外收发模块还是第二红外收发模块；并进一步判断接收的数据是来自外置模块的第三方模块还是第二控制器。解决了一个主机端的主控串口与多个外围模块的子控串口通信，无需较多的串口资源，并且支持功能模块不同的协议，同时支持主控与模块本身MCU的自定义协议。