本发明公开了一种病毒的检测方法及其检测系统，病毒的检测方法包括以下步骤：通过控制装置预设快速荧光PCR仪的运行参数；所述控制装置根据所述运行参数，通过控制快速荧光PCR仪的升降机构带动光学模块上升和下降以及控制快速荧光PCR仪的转盘正传和反转，以升高或降低试剂的温度，并通过光学模块获取荧光强度数据；所述控制装置分析所述荧光强度数据，从而判定试剂中是否存在病毒。该检测系统包括：控制装置和由所述控制装置控制的快速荧光PCR仪，所述快速荧光PCR仪包括壳体、电机、转盘、光学模块、升降机构、温度传感器和试管拆装结构。本发明具有提高了病毒检测速度和检测效率等优点。