本发明涉及水生态修复技术领域，具体公开了一种定向剔除水体藻类引导的水体生态修复方法。所述的定向剔除水体藻类引导的水体生态修复方法，其包含如下步骤：S1.对目标水体进行定期取样检测，获取水体理化指标及藻相特征；S2.分析项目水体藻相特征及生态系统动态变化趋势，确定定向剔除的藻类；S3.根据藻相分析结果及生态系统动态变化趋势预判，定向剔除水体中的藻类。本发明通过定向剔除衰亡藻类，转移水体氮磷等富营养化物质至水体外，通过定向剔除有害藻类，维持水体藻群结构合理、健康等，进而引导水生态系统向健康、稳定、有序的方向发展。