本发明公开了一种用于北斗导航系统连续运行参考站的故障定位系统及方法，属于定位服务故障治理技术领域，涉及北斗导航系统连续运行参考站的运维工作，具体涉及用于北斗导航系统连续运行参考站的故障定位系统及方法。针对现有技术中存在的、参考站的故障定位效率低、排查出错概率高等问题，本发明提供了一种用于北斗导航系统连续运行参考站的故障定位系统及方法，利用故障定位系统接收、传送、分析、处理数据信息并结合经验参数判断参考站的故障定位。解决了故障定位的问题，同时也实现了故障定位方法的系统化、流程化，从而降低了对运维人员专业性的严格要求，减少了运维人员前往现场排查的次数，降低了运维成本。