本发明涉及一种连续微流控生物芯片下基于时序的控制层布线方法。该方法包括：（1）初始线网拆分阶段。提出了一种估算线网延迟的策略用以判断是否对线网进行划分，通过引入额外控制端口拆分时序性能差的线网，以优化线网内阀门的最大时延；（2）控制通道布线阶段。设计了一种考虑历史布线效果的目标函数，提出了一种基于拆线重布的布线算法，在保证线网满足可布线性约束的条件下，最小化控制端口的使用；（3）控制端口布局阶段。通过线长匹配策略，减少时序同步阀门集合内阀门的时序偏差，提高阀门的同步性。本发明能够减少控制端口的数量，同时获得时序性能良好的连续微流控生物芯片的控制层布线方案。