本发明公开一种复杂果园环境下的果实检测方法及系统，包括：获取不同干扰环境下的果实图像，标注果实图像中的目标果实；提取果实图像的图像特征，并进行多尺度特征融合，对得到的融合特征图以逐像素方式进行重构，得到重构特征图；标注目标果实所在真实框在重构特征图上对应的正采样区域，根据真实框的标注信息确定正采样区域中每个空间位置的训练目标，由训练目标对果实检测模型进行训练；对待测果实图像采用训练后的果实检测模型得到目标果实识别结果。解决同色系背景及其它各种干扰而导致模型的识别难度大等问题，平衡果实检测时在时间和精度之间的关系，在保证检测精度的前提下，提高实时性。