本发明提出了一种城市内河原位生态修复的方法，包括以下步骤：构建辅河道：在主河道一旁构建辅河道，处理规模为7500‑8500m³/d；建立块石‑仿木桩‑植物护岸：在河岸和河水过渡带放置砾石，在砾石带插入仿木桩，在砾石带上种植苜蓿；种植辅河流植物：将辅河流分为前段净化区和后段稳定区；在前段净化区修建土埂，土埂边坡种植苦草，土埂底部还铺设含有吸附剂的驯化底泥；在后段稳定区，种植水生植物；配置设施：在土埂边坡设置带有气孔的供气管环。本发明构建的城市内河原位生态修复的方法，使水质指标稳定达到地表水Ⅱ类标准，有效降低水体污染物浓度、水体富营养化，可形成一个可自我维持、良性循环、具有生命力的生态系统，有效实现河流自净能力的提高。