本发明提供一种利用生物阴极共代谢系统还原降解恩诺沙星的方法，构建MFC反应器，以碳刷作为阴极和阳极电极，阳极室和阴极室分别注入特定配比的阳极液和阴极液，两室均接种厌氧污泥，启动和驯化MFC反应器。本发明采用的生物电化学系统，不仅提高恩诺沙星还原降解的效率，还可丰富阳极和阴极生物膜的微生物群落，并提高产电菌群和降解菌群的数量，使恩诺沙星代谢产物的毒性降低，本发明的电极无需使用昂贵的催化剂，成本低，是一种有效且环保的方法，具有重要的应有前景。