本发明属于高分子材料技术领域，具体涉及高韧性聚酯复合材料及其制备方法和应用。本发明的高韧性聚酯复合材料的原料包括聚对苯二甲酸丁二醇酯、聚碳酸酯、玻璃纤维、酯交换抑制剂；所述聚对苯二甲酸丁二醇酯的特性粘度为0.4～1.0dl/g，所述玻璃纤维包括扁平玻纤。本发明采用低粘度、高流动的聚对苯二甲酸丁二醇酯，可以大幅度提高熔体对表面处理后金属表面的浸润，赋予材料良好的加工性以及优异的金属结合力；扁平玻纤作为填充增强剂，可以提升材料的强度、刚性和耐热性，同时可以降低材料的膨胀系数，增强树脂与金属的结合力；酯交换抑制剂可以减少PBT与PC间发生过度的酯化反应。