本发明提供了一种马赫曾德尔干涉仪光子晶体光纤折射率传感器，包括依次耦合的第一单模光纤、细芯光纤、光子晶体光纤以及第二单模光纤，相邻两段光纤通过熔接方式耦合，传输光经过第一单模光纤进入细芯光纤以及光子晶体光纤，最后从第二单模光纤射出。本发明利用直接熔接的方式，将一段细芯光纤和一段光子晶体光纤熔接在两段单模光纤之间，形成复合型MZI器件，可以通过细芯光纤和光子晶体光纤的长度来获得高质量的干涉光谱，操作简便，加工效率高，成本低，适用于不同类型的光纤折射率器件，本方案相比于传统PCF器件具有更高的折射率灵敏度及更高的条纹分辨率，可用于生物医药和食品等领域。