本发明涉及水稻品种培育技术领域，具体地说，涉及一种利用智能筛选系统培育安全优质多抗两系不育水稻的方法，所述智能筛选系统包括冷水池和计算机，所述冷水池内设置有GPS定位标和盆钵，所述盆钵位置与GPS定位标适配，所述盆钵上设置有水温探头和空气探头，所述冷水池上方安装有两组高清摄像头，所述冷水池上设置有冷水开关，其培育步骤包括选择米质优良性状的水稻供体与骨干不育系水稻杂交，收获的种子种植后，利用分子标记技术筛选含有稻瘟病抗性基因、抗白叶枯基因以及抗飞虱基因的组合，混合收获得到F2。该发明利用智能筛选系统准确、高效、快速的筛选出安全型优质多抗两系不育系，提高了两系不育系选择效率和应用范围，降低了两系不育系筛选的盲目性。