本发明公开一种基于计费引擎的云桌面精准计费方法及系统，方法包括：构建应用层；构建中台层；所述中台层用于确定计费内容和设定计费支付规则；所述计费内容包括有价值的资源；所述资源包括原始资源和再创资源；构建数据层；获取用户数据；所述用户数据包括用户信息和资源使用情况；对各用户使用的计费资源进行分段计费并形成计费账单；所述分段计费包括对资源进行估值再根据估值进行计费计算；所述计费账单包括直接费用和间接费用；根据预先确定的支付手段支付费用。本发明将单链条计费模式向网状计费形态转变，同时单向计费逐渐变换为多向计费，通过自定义计费模式，能够覆盖大部分计费场景，同时满足用户和运营商的成本管控需求。