本发明公开一种用于气体采样系统的智能诊断和保护系统，包括第一气管接头(2)、第二气管接头(3)、吹扫电磁阀(4)、吹扫三通(5)、压力传感器(6)、信号采集模块(7)、智能控制模块(8)；也公开一种利用所述智能诊断和保护系统实现气体采样系统智能诊断和保护的方法，包括：S1根据分析仪类型建立系统故障模型；S2将系统故障模型写入智能控制模块；S3设定吹扫模式，按照设定的吹扫间隔，以及吹扫脉冲次数或吹扫时长对管道进行吹扫；S4实时采集压力；S5信号处理；S6故障诊断及处理。该系统和方法可智能诊断气体采样系统健康状况，实现智能吹扫及预警报警。