本发明公开了一种灵芝多组分的提取分离方法及其在人工种植灵芝提取物制备中的应用，属于灵芝精深加工技术领域。灵芝多组分的提取分离方法包括如下步骤：将灵芝破碎后进行提取，提取物多级分离得到灵芝多糖富集物和灵芝三萜富集物，其中提取的所述提取的料液比1:18～22，提取温度为60℃～80℃，所述多级分离为将提取物采用1000分子量的纳滤膜分离得到灵芝多糖，采用500分子量的纳滤膜分离得到灵芝三萜。本发明的制备方法有效提高了有益成分的纯度，灵芝多糖纯度可达10％左右，降低了灵芝产品的生产成本，且明显降低了重金属和农药残留，产品安全性好。