本发明提供T细胞受体与抗原表位的结合预测方法及系统，属于生物信息处理技术领域，包括：对待预测的T细胞受体序列和抗原表位序列进行矩阵编码；提取编码后的T细胞受体序列特征；提取编码后的抗原表位序列特征，并将T细胞受体序列特征与抗原表位序列特征进行融合，得到融合特征；利用预先训练好的预测网络，对融合特征进行处理，得到所述待预测的T细胞受体和抗原表位是否能够结合的结果。本发明提取了T细胞受体序列特征和抗原表位序列特征并进行融合，基于融合特征预测TCR序列与抗原表位序列结合的可能性，通过少量样本提取TCR序列与抗原表位序列特征并融合进行预测，降低了模型训练使用的数据量计算复杂度，提高了计算效率以及预测的准确性。