本发明适用于外泌体富集领域，公开了一种基于两亲性超分子磁性微球的外泌体富集方法，该方法基于四氧化三铁磁性微球进行修饰，在其表面包硅后修饰两亲性树枝状超分子复合物来捕获外泌体，利用磁性微球的磁响应性以及超分子对外泌体脂质膜的多价协同作用提升了外泌体的捕获效率，磁性微球富集到的外泌体裂解之后检测其内容物。其特征在于磁性微球表面修饰两亲性分子以及树枝状聚合物，其中两亲性分子与树枝状聚合物协同作用于外泌体的脂质膜；所述微球内核为磁性四氧化三铁纳米粒子，能够在外加磁场的作用下迅速分离富集外泌体。这种基于两亲性超分子修饰磁性微球的外泌体富集方法具有特异性强、简易高效、安全环保、可重复性高等优点。