本发明涉及一种机架式存储服务器用主机防护装置及其防护方法，涉及服务器领域，包括服务器主体、固定存储箱、顶面防护部件、一对分离存储箱、多组侧面防护部件和多组箱体连接部件；固定存储箱，设于服务器主体外侧。通过设置固定存储箱、分离存储箱以及箱体连接部件，可以便于对服务器主机进行存储防护，并且配合设置的侧面防护部件和顶面防护部件和背面卡合防护部件，可以将服务器主机固定在固定存储箱和分离存储箱内，并在服务器运输期间，对服务器产生的不定向晃动外力进行缓冲分压，从而避免服务器发生损坏，保护服务器的正常使用，同时，各部件之间便于拆装，便于相关部件发生损坏时进行单独拆卸和更换，避免资源的浪费。