本发明适用于办公管理技术领域，提供了一种电子公文签批管理系统及方法，包括以下步骤：接收电子公文，生成电子公文签批信息，将电子公文签批信息发送至签批账号；当电子公文能够签批通过，调取电子公文的重要程度，当电子公文的重要程度为一级，接收签批通过指令；当电子公文的重要程度为二级，生成签名输入框，接收签名输入信息，将签名输入信息整合至电子公文；当电子公文的重要程度为三级，生成签名输入框和指纹输入命令，接收签名输入信息和指纹输入信息，将签名输入信息和指纹输入信息整合至电子公文。本发明根据电子公文的重要程度提醒签批人进行不同方式的签批工作，既能够保证在线签批的效率，又能够保证重要电子公文的安全性。