本发明公开了一种清洁燃料的储存系统及方法，储存系统包括用于储存液态清洁燃料的储罐和用于吸收液态清洁燃料热量的第一热交换器，以及为第一热交换器提供制冷剂的制冷器；储罐与第一热交换器之间连接有液态清洁燃料循环管路，第一热交换器与制冷器之间连接有制冷剂循环管路。本发明系统结构简单，设计合理，实现方便，维护费用低，能耗大幅度降低，结合储存方法，能够有效应用在清洁燃料的储存中，无BOG产生，对环境不存在污染，适用于间歇性运行，能满足调峰站的调峰与非调峰期的运行场景，使用效果好，便于推广使用。