本发明涉及家畜预先选种技术领域，具体涉及一种预选种系统及方法，其中，系统包括：数据输入模块，用于输入预选种所需的原始数据；文件配置模块，用于配置遗传缺陷以及遗传缺陷相应的选种标准；参数设置模块，用于设置选种数量；用户交互模块，用于设定选种目标，调整遗传缺陷和选种标准；数据处理模块，用于根据原始数据、遗传缺陷、选种标准、选种数量和选种目标逐窝、分级进行匹配和排序，得到预选种结果；数据输出模块，用于输出预选种结果。本发明匹配和排序是逐窝和分级进行的，相较于不分窝进行预选种来说，准确度和精确性都更高，相较于传统手动预选种来说，效果更好、效率也更高，解决了无法避免人为错误和标准化程度低的技术问题。