本发明提供一种真核生物泛转录组注释方法，包括以下步骤：将3个以上不同来源的真核物种样品转录组数据比对到参考基因组上，获得相应的基因结构注释信息，整合，得到依赖参考基因组的转录组注释结果；将样品转录组数据进行拼接组装，获得相应的成熟转录本序列信息，将成熟转录本序列信息比对参考基因组，获得相应的基因结构信息，得到不依赖参考基因组的转录组注释结果；整合结构转录本注释信息，过滤无法比对参考基因组的转录本，得新的转录本注释信息；整合样品高通量转录组数据，可获得目标真核物种的泛转录组注释信息。本发明可获得真核生物更加完整的转录组注释结构，采用不同策略相互辅证，极大地提高了注释准确率。