本发明涉及电池管理领域，具体涉及一种并联锂电池系统控制方法、设备及存储介质，包括如下步骤：获取车辆电池的配置文件及流经并联锂电池系统中各子系统的实际电流；其中，配置文件包括各子系统包的电流阈值；基于流经各个子系统的实际电流，计算各个子系统包中对应的总电流；如果子系统包的实际总电流大于或等于子系统包的电流阈值，主管理单元控制次管理单元断开对应子系统包的继电器，并在车载显示器上进行报警，通过控制系统对并联锂电池系统进行统一控制管理。在子系统包的实际总电流达到电流阈值时，主管理单元通过次管理单元断开对应的子系统包的继电器，并通过车载显示器进行报警，以及时提醒驾驶人员。