本发明公开了高效生产细胞外囊泡的方法。本申请所提供生产细胞外囊泡的方法包括以下步骤：取细胞与生物相容性材料混合，得到混合液；将混合液分散在生物惰性液中，形成生物相容性三维体；将生物相容性三维体置于细胞培养基中培养，收集上清得到细胞外囊泡。通过上述方法无损负载细胞形成三维体，构建良好的细胞通信微环境，有效提高细胞分泌细胞外囊泡的效率，达到细胞最大效用化利用。该方法普适性高、工艺简单、耗时短、均一性高，能够作为大规模生产细胞外囊泡的技术平台。能够保留细胞的原有形态、结构及功能，不会降低细胞活性、导致细胞凋亡或改变其表型，因此不会削弱细胞外囊泡的诊断、治疗等功能。