本发明提供一种呼吸科病房净化系统，包括净化箱，所述净化箱的顶部与底部分别安装有第一筒体和第二筒体，所述第一筒体和第二筒体均水平设置，所述第一筒体和第二筒体内均设有磁性活塞，所述净化箱内安装有可同时带动两个磁性活塞往复式移动的推拉机构，所述第一筒体的前端连接有废气吸管和废气出管，第一筒体的后端连接有吸液管和出液管，所述第二筒体的前端连接有吸水管和出水管，第二筒体的后端连接有吸气管和出气管，所述净化箱内设有与废气出管以及出液管连接的消毒机构。该净化系统能够直接安装在窗框上，将病房内部空气消毒后排出的同时，再将外界新鲜空气过滤净化后送入病房内，提高病房内的空气质量。