本申请属于生物信息学技术领域，公开了一种与肿瘤细胞恶性表型关联的非差异基因及其筛选方法和应用，所述非差异基因与癌变组织的多个差异基因相互作用，且在癌变组织和癌旁组织中普遍存在，具有较高丰度表达和无差异表达，以及在网络通路中扮演重角色的特点。通过用于区分癌变组织和癌旁组织的SVM模型对待区分基因进行排序，取排序前5%位置的基因剔除差异基因，即得所述非差异基因。以所述非差异基因作为靶点，可用于制备预防或治疗与所述非差异基因相关肿瘤的药物。无论是敲低所述非差异基因作为预防肿瘤，还是成瘤后敲低作为控制肿瘤发展，本申请筛选的非差异基因均可抑制小鼠肿瘤大小。