本发明提出了一种低氘矿泉水的生产系统及其工艺，涉及水加工技术领域。一种低氘矿泉水的生产系统，包括接入原料水的净化组件，与所述净化组件对接的换热组件，与所述换热组件对接的精馏塔组，以及与所述精馏塔组连接的真空泵组。本发明制备的低氘矿泉水的氘含量低，且整个制备对于能耗的消耗少，且能够充分利用能源，工艺热效率高，大幅度节约了工艺成本，并且整个工艺步骤简单便捷，所出来的介质只有水和蒸汽，无污染。