本发明提供一种减小内窥镜辅助软件显示延时的方法、系统和应用，通过内窥镜设备采集实时图像。将所述实时图像输入图像处理模块，获取处理图像。将所述实时图像和处理图像输入FPGA模块。所述实时图像连接到所述FPGA模块的下层显示区域。所述处理图像连接到所述FPGA模块的上层显示区域。所述实时图像和处理图像在所述FPGA模块内叠加后通过屏幕输出并显示。本发明在传统处理方式的基础上引入FPGA模块，能够减少内窥镜图像显示延时，解决传统内窥镜检测辅助系统存在难以忽视的显示延迟的问题，避免医生在使用内窥镜检测时因显示延迟而错过最佳操作时机,提高了检测操作或者手术操作的体验感。