本发明涉及智能测绘技术领域，提出一种水深数据处理方法及系统，其中包括以下步骤：实时采集水深数据并据进行水深取值，得到每一帧波形数据对应的初水深值；从第二帧波形数据开始逐帧进行检测，对于每一帧波形数据，将当前帧波形数据的初水深值与前一帧波形数据的真实水深进行比较，判断二者的差值是否小于预设的水深误差阈值：若是，则判断当前帧波形数据的初水深值为真实水深，并存储在数据库中；若否，则将当前帧波形数据的初水深值作为可疑水深存储在临时容器中，直到出现真实水深，此时对临时容器中的可疑水深进行滤波处理，将滤波结果作为真实水深并将其存储在数据库中，并清空临时容器，继续实时水深数据采集和初水深值检测操作。