本发明公开了基于环烯醚萜类小分子活性肽的制备方法及酶解工艺，具体涉及生物小分子制备及其生物酶解工艺技术领域，具体包括：步骤一，生产A品；步骤二，生产B品；步骤三，生产C品；步骤四，生产D品；步骤五，生产E品；步骤六，生产F品；步骤七，生产G品；步骤八，制备成品。本发明基于环烯醚萜苷元能与氨基酸分子进行螯合反应的化学特征，提高了环烯醚萜类物质和多肽类物质的利用深度，并且采用分子螯合‑复合酶解技术，精减了传统提取工艺繁琐步骤，提高了目标成分的得率和纯度，避免了传统工艺过程中活性成分失活及其它副产物的生成，提升了产品的安全性、功能靶向性和生物利用度。