实用新型涉及生物技术器械领域，具体涉及一种小分子活性肽制备装置，包括物料粉碎器、操作台和裂解仓，操作台上表面安装有传送带，物料粉碎器和裂解仓依次设于传送带上方，裂解仓两侧分别开设有进料口和卸料口，进料口和卸料口均在传送带的运动轨迹上，裂解仓的内部连接有微波发生器，操作台一侧依次设有固体物料存储仓、气体冷凝装置和液体物料存储仓，固体物料存储仓顶端设有开口，开口位于传送带上表面物体运动的轨迹内，裂解仓与液体物料存储仓之间连通有气体传输管道，气体传输管道还连通有抽气装置；采用本实用新型技术方案能够实现生物活性肽的自动制备，能够同时得到液体和固体小分子活性物质，适用于活性肽的制备生产。