本发明公开了一种多年生野生西瓜砧木品种的选育方法，所述选育方法包括：选择大量野生西瓜种质材料以及现有野生西瓜砧木品种等播种种植，考察野生西瓜下胚轴粗短和再生能力的生理规律，进而确定下胚轴粗短和再生能力的遗传规律，然后对野生西瓜种质资源优异性状进行聚合转育及纯化，获得性状优良稳定的多年生野生西瓜砧木品种的母本和父本。最终获得的野生西瓜砧木品种下胚轴短粗，易嫁接，根系发达，再生能力强，嫁接成活率高，嫁接后接穗植株长势强，高抗西瓜枯萎病，耐低、高温性均较强，可连年多批及跨年度再生后生产，非常适于推广种植。