本实用新型提供了一种氢燃料电池汽车电机相序自我识别系统，包括后电机控制器、电机、整车控制器、制动踏板和油门踏板；整车控制器通过信号采集线与所述制动踏板和所述油门踏板连接；整车控制器、电机、后电机控制器之间通过CAN通讯信号线连接；整车控制器采集油门踏板和制动踏板的深度信息，根据驾驶员需求对电机进行控制，发送目标扭矩；后电机控制器进行目标扭矩输出，同时控制电机执行目标扭矩获得电机转速，整车控制器获取电机转速信息、电机相电流信息和后电机控制器的直流输入端电流信息，以识别并调整电机相序。该系统结构简单，成本较低，具有很高的稳定性和可靠性，同时适用面广泛，误判率低，控制可靠，还具有仪表提示功能。