本实用新型公开一种医疗器械辅助杀菌清洗设备，包括清洗箱体，所述清洗箱体内设置有环形槽，所述环形槽内壁固定安装有内齿轮，所述环形槽内转动设置有旋转环，所述旋转环上设置有竖向设置的双头电机，所述双头电机下端延伸至所述环形槽内并设置有主动齿轮，所述主动齿轮和所述内齿轮啮合传动，所述旋转夹紧部端部设置有第一锥齿轮，所述双头电机上端设置有第二锥齿轮，所述第一锥齿轮和所述第二锥齿轮啮合传动，通过本实用新型的结构设置，具备以下的优点，能带动医疗器械围绕圆周旋转，在医疗器械围绕底座圆周旋转过程中实现自转，通过一个驱动结构带动围绕两个方向旋转，实现多角度旋转工作，提供清洗的质量。