本实用新型提供一种蛋白纯化设备，包括依次相连的上样装置、上样反应装置和洗脱装置；其中：所述上样装置包括第一进料管路、第一进料泵和第一出料管路；所述上样反应装置包括反应沉降罐、搅拌器和搅拌动力机构，所述搅拌器插入所述反应沉降罐内部并由所述搅拌动力机构驱动；所述反应沉降罐的上部设置上样液进料口和填料进料口；所述反应沉降罐的下部为锥形罐底，所述锥形罐底的底部设置填料出料口和排污口。所述洗脱装置包括第二进料管路、第二进料泵、第二出料管路和洗脱柱；所述填料出料口与所述第二进料管路连接。本实用新型发蛋白纯化设备，大大缩短了生产时间，提高了生产效率，且系统操作简单方便。