本实用新型公开了一种生物反应器搅拌轴密封装置，包括反应器壳体和搅拌轴杆，所述搅拌轴杆上安装有限位板，所述反应器壳体上侧中部安装有定位座，所述定位座内部开设有卡槽，所述搅拌轴杆通过限位板旋转卡接在卡槽内，所述定位座下侧安装有密封垫，所述定位座上部开设有通孔，且搅拌轴杆贯穿通孔设置，且通孔上侧安装有密封套环，所述反应器壳体上侧开设有密封槽，且密封垫卡接在密封槽内，本实用新型将搅拌轴杆通过限位板旋转卡接在卡槽内，使得能够对搅拌轴杆上部进行旋转支撑处理，有利于提高搅拌轴杆工作时的稳定性，而且通过设有的密封垫、密封套环和密封槽，能够提高反应器壳体、定位座和搅拌轴杆之间的密封性，防止液体泄漏。