本实用新型公开了一种方舱式生物安全型负压通风空调系统，包括方舱和设置于方舱内的空调系统，所述方舱设置于受控空间的一侧，所述空调系统包括循环风设备、送风设备、排风设备、空调换热器和控制系统；本实用新型中的方舱式生物安全型负压通风空调系统，将送风设备、排风设备、循环风设备、空调设备及控制系统集成于一个方舱内，便于储存、运输和快速部署。更重要的是，将含高效空气过滤的循环风设备与空调设备的换热器串联，避免了空调管道的病原微生物泄漏风险。