本实用新型公开了一种具有清洗功能的微生物发酵装置，包括罐体、顶盖、电机、搅拌装置、进水口、喷头、超声波发生器、超声波换能器、加热板、控制面板、观察窗和遮光板，罐体的顶端设有顶盖，顶盖的顶端设有进水口，顶盖的内部设有喷头，罐体的底端设有电机和超声波发生器，罐体的内部设有搅拌装置、超声波换能器和加热板，罐体的前侧设有控制面板和观察窗，观察窗的前侧设有遮光板。本实用新型中，设计有喷头，通过喷头喷洒清洗液方便对罐体进行清洗消毒，避免微生物遗留在罐体中，设计有超声波换能器，增强清洗效果，提高清洗效率，设计有观察窗方便观察发酵情况，同时遮光板可以遮挡光线，避免厌光型微生物因光线的照射而影响发酵。