本实用新型公开了一种木薯种茎自动分种机构，包括机架、存放系统、毛刷组和链条组；所述机架包括底板和分种支架；所述存放系统由水箱、分隔板和挡板组成，水箱固定在底板上，分隔板呈一定形状安装在水箱内部；所述毛刷组包括毛刷电机和毛刷轴，毛刷电机安装在分种支架上，毛刷电机驱动毛刷轴转动，将水箱中种茎区的木薯种茎拨动至分种区；由于采用了上述结构，本专利具有结构新颖，操作简单的特点，且能够利用木薯种茎的密度小于水的密度的特点对相互勾连的木薯种茎进行初步分离，再通过机构运动实现进一步分离，自动化程度较高，能够极大地降低人力需求，提高木薯种植效率，具有较高的实用推广价值。