本实用新型涉及药用玻璃包装瓶加工技术领域，且公开了一种药用玻璃包装瓶加工定位机构，包括工作台、传动带、护栏、料盒和移动装置；所述工作台上设有用于安装传动带的传送口，所述工作台上安装有位于传送口两侧的护栏；所述工作台上设有矩形槽，且料盒放置在工作台的矩形槽上，所述料盒的缺口端设置在朝向传动带的一端，所述工作台上安装有用于转移玻璃瓶移动装置。该药用玻璃包装瓶加工定位机构，通过传送带对玻璃瓶进行输送，并以移动装置对玻璃瓶进行拦截，并将拦截的玻璃瓶输送到料盒内，如此反复将玻璃瓶精准定位并移动到料盒中，如此可直接将料盒取出，进行更换，便可完成玻璃瓶的定位输送。