本实用新型公开了一种水域断面温室气体采集装置，包括：能够插入所述水域中并部分露出水面的主杆；一端与所述主杆连接，另一端固定于岸边的收放机构；漂浮于水面上进行收集气体且与所述收放机构连接，并在所述收放机构驱动下能够在水域和岸边之间移动的气体采集器。基本原理为首先在水域中设置主杆，然后在主杆和岸边之间设置收放机构，操作员在岸边就能够将气体采集器通过收放装置移动至水域中或回收至岸边，通过气体采集器将水体释放的温室气体收集。有益效果是可在水域岸边操作，采集水域断面样带上的气体样品、提高气样采集的准确度。