本实用新型涉及一种载板空中翻板机构，包括第一翻板装置和第二翻板装置，所述第一翻板装置和所述第二翻板装置均包括用于抓取载板的抓板模块、用于控制所述抓板模块由水平状态反转至竖向状态的翻转模块以及用于驱使所述翻转模块移动的驱动模块，第一翻板装置和所述第二翻板装置并排布设，所述第一翻板装置的抓板模块和所述第二翻板装置的抓板模块均处于竖向状态且正对设置时，载板在第一翻板装置和所述第二翻板装置之间转移。还提供一种载板加工系统。本实用新型采用空中翻板的形式，省去了工作台空间，能够减少设备体积；翻面操作时，也无需占据上方导轨的操作空间，设备其他结构无需避让，可以同时进行上下料等其他操作，提升了整体加工效率。