本实用新型公开了一种磁珠灌装装置，其包括机架，以及安装在机架上的灌装机构；灌装机构包括位置移动组件、安装板、磁珠注射器和磁珠供应组件。磁珠注射器通过安装板安装在位置移动组件的移动部上。磁珠供应组件包括安装架、磁珠桶、磁力混匀组件和加料槽体。磁珠桶通过安装架安装在机架上。加料槽体均安装在机架上。磁珠桶内的磁珠能够输送至加料槽体中。磁珠注射器能够在位置移动组件的驱动下移动到加料槽体的正上方。磁力混匀组件包括多个电磁线圈；各电磁线圈沿磁珠桶的周向依次排列。本实用新型通过多工位灌装结构，能够全自动地进行上料、磁珠灌装、封膜作业，在极大程度上提高了生产效率，并显著减小了磁珠污染的可能性。