一种医疗设备窗口密封机构，包括设有操作窗的本体，还包括滑移组件和门板，所述本体上设有环绕所述操作窗设置的环形槽，所述环形槽内设有充气式的气垫圈，所述滑移组件包括动力源和导轨，所述门板滑动连接于所述导轨上，所述动力源用于推动所述门板沿所述导轨移动以使得所述门板覆盖所述环形槽。上述方案通过在本体上设置滑移组件和门板，实现了门板对操作窗的自动化的开关功能；通过在本体上设置环形槽，并在环形槽内设置充气式的气垫圈，从而当门板覆盖环形槽时，气垫圈能够充气直至与门板相抵接实现对操作窗的密封功能，而当操作窗需要打开时，先对气垫圈放气，随后门板即可滑移至环形槽的侧面，即实现了操作窗的开启。