本实用新型公开了一种用于家禽育种的肠道健康监测系统，涉及家禽肠道健康监测技术领域。其包括可移动的支架，支架的上端设有用于承接育种笼内种鸡所排鸡粪的鸡粪抽检机构，支架的上端在位于鸡粪抽检机构的下游端一侧设有侧方固定架，侧方固定架上设有一“L”型悬架，“L”型悬架上设有可对传送在鸡粪抽检机构上的鸡粪外观形态进行计算机视觉识别的机器视觉识别装置，支架上设有与机器视觉识别装置相连接的控制箱，控制箱内设有与后台监测服务器无线远程连接的无线通讯模块。本实用新型可快速地识别出对应育种笼内种鸡的肠道健康状况，可对家禽的肠道健康状况进行无损地，持续性地前瞻预防式监测，指导家禽育种站进行更好地育种工作。