本发明公开了提供一种家禽肠道丁酸梭菌检测方法及系统，基于显微红外光谱仪进行肠道代谢物浓度检测，采集待测肉鸡小肠肠道组织切片样本的多波段局部光谱图像，可同时考虑肠道微生物空间分布信息及不同波段的光谱信息；经过图像预处理后进行波段融合得到相关波段矩阵集合，可以提高分析肠道丁酸的吸收衍射光谱的准确性；进一步判断是否存在局部代谢物富集区域，可精准定位肠道代谢富集局部区域，克服丁酸具有挥发性强、光谱散射截面积微小等检测难点，并提高了对肠道丁酸梭菌的检测精度和灵敏度。