本实用新型公开了一种风管机除菌机构，包括主体，所述主体的外表面设置有动力机构，所述主体的一侧开设有多个保护壳，所述保护壳的内侧设置有清理辊以及设置在清理辊一侧的接灰板，所述保护壳的顶部还固定有紧贴清理辊边缘切线的刮板，所述主体还配备有喷水除菌机构，所述动力机构带动清理辊转动；本实用通过设置的清理辊以及相匹配的辅助结构，提供了可进行自动清理结构，其结构的层次之间的间隔与中央空调的风管机的隔层槽口相匹配，能够直接插入风管机的表面，对其隔层进行清理，清理通过电机提供动力输出，进行搅动式清理，过程中会喷出除菌液，打湿清理辊，因此清理辊在清理过程中还会进行除菌操作。