本实用新型公开了一种孔板清洗系统，涉及生物医学领域，用以提高孔板清洗系统的性能。孔板清洗系统包括洗板机、储液装置、废液回收装置、第一液位检测元件、第二液位检测元件以及控制器。洗板机包括分配流路、吸液流路和清洗区。储液装置与洗板机的分配流路流体连通，以向清洗区提供清洗液。废液回收装置与吸液流路流体连通。第一液位检测元件安装于储液装置内部，以检测储液装置的液位。第二液位检测元件安装于废液回收装置内部，以检测废液回收装置的液位。控制器被构造为根据第一液位检测元件和第二液位检测元件检测到的液位，控制洗板机启动或者停止。上述技术方案，降低了洗板机因为清洗液过低、废液过高造成故障的几率。