本实用新型公开了一种微生物粪污处理设备,包括箱体，所述箱体内设置有第一隔板和第二隔板，第一隔板水平设置且将箱体分为上、下两个区域，第二隔板竖直设置且下端与第一隔板连接后将上区域分为左、右两个区域，左区域构成一厌氧池，右区域构成一好氧池，下区域构成一杀菌池；其中，箱体上设置有与左区域连通的进污口，以及分别设置在箱体下端左右两侧与下区域连通的进水口与排水口；好氧池与杀菌池通过连接管连接，所述连接管上设置有排污泵；厌氧池与好氧池通过U型管连通，所述U型管上设置有提升泵；好氧池内设置有MBR过滤装置，好氧池内部与一曝气装置连通。本实用新型大大缩减了粪污处理设备的占地面积，具有出水水质好，维护成本低的优点。