本实用新型公开了一种流式细胞仪样本处理过滤装置，包括底座，所述底座顶部的两侧设置有固定杆，两组所述固定杆的顶部设置有顶板，所述底座顶部的中部套设有收集瓶，所述收集瓶外侧的顶部套设有滤网，所述顶板顶部的中部设置有电动推杆，所述电动推杆的输出端设置有U形板，所述U形板的底部设置有安装块，所述安装块内部顶部的一侧设置有电机，所述电机的输出端设置有转杆，所述转杆外侧的底部套设有齿轮A；本实用新型通过电动推杆、安装块、清洁刷、电机、齿轮A、齿轮B和转杆之间的互相配合，使得装置在对细胞过滤后，可控制清洁刷插入滤网内，自动对其进行清理，提升了装置对滤网清理时的便捷性。