本实用新型公开了一种水密隔离的船舶通风系统，依次包括通过水密法兰连接的首段通风管、收水管、第一分流管、冷凝分离器、第二分流管以及末段通风管，首段通风管前端的进风口设置于船舶外壁，首段通风管前端沿进气方向依次设置有进气百叶窗与抽风机，收水管内设置有沿管线分布的收水器，第一分流管与第二分流管均为三通管，第一分流管的进口端与收水管连通，第一分流管的第一出口端与冷凝分离管的入口连通，第一分流管的第二出口端连通有排水管，冷凝分离管的出口与第二分流管的进口端连通，第二分流管的第一出口端与排水管连通，第二分流管的第二出口端与末段通风管连通。本实用新型的优点在于避免内部积水对通风管道影响，并且实现通风的干燥。